Theo đó, Quỹ khám chữa bệnh cho người nghèo được đặt tại Sở Y tế, có con dấu riêng, được mở tài khoản tiền gửi tại Kho bạc Nhà nước để quản lý nguồn hỗ trợ từ ngân sách Nhà nước. Ban Quản lý của Quỹ gồm Trưởng ban là lãnh đạo UBND cấp tỉnh; 02 phó trưởng ban là lãnh đạo Sở Y tế và lãnh đạo Sở Tài chính; cùng các thành viên khác là đại diện lãnh đạo Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, ban Dân tộc tỉnh và đại diện Mặt trận Tổ quốc tỉnh.
Thông tư cũng chỉ rõ, Ngân sách Nhà nước hỗ trợ Quỹ để thực hiện mua thẻ bảo hiểm y tế cho người nghèo với mệnh giá 50.000 đồng/người/năm hoặc thực thanh, thực chi cho dịch vụ khám chữa bệnh tại tuyến xã và viện phí cho người nghèo, nhân dân các xã có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;, nhân dân các dân tộc thiểu số vùng Tây Nguyên; hỗ trợ một phần viện phí cho các trường hợp gặp khó khăn đột xuất do mắc các bệnh nặng, chi phí cao khi điều trị ở bệnh viện Nhà nước, người lang thang, cơ nhỡ…
Trong trường hợp người bệnh tự lựa chọn cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (trái tuyến, vượt tuyến) hoặc khám, chữa bệnh theo yêu cầu thì thực hiện việc thanh toán chi phí theo quy định về bảo hiểm y tế; Quỹ không hỗ trợ chi phí khám, chữa bệnh đối với các trường hợp này.
Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/12/2013.